Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian cd..

Mutacje progresji wykryte w innych przypadkach zwykle wpływają na promotor TERT (ryc. S2, S3, S9, S21, S25 i S27 w Dodatku Aneks 1), CDKN2A (ryc. S6, S16, S27, S33, S34 i S36 w Dodatku Załącznik 1) oraz geny kodujące podjednostki SWI / SNF (ryc. S1, S4, S14, S15, S21 i S22 w Dodatku 1). Obecności lub braku mutacji w promotorze TERT nie można było ocenić w przypadku ośmiu przypadków (wymienionych w dodatku 2 uzupełniającym), które zostały przeanalizowane przed identyfikacją promotora TERT jako mutacyjnego punktu aktywnego. Regiony genomu dotknięte zmianami liczby kopii zostały zidentyfikowane na podstawie odchyleń w głębokości odczytu od puli referencyjnej zdrowych tkanek. W przykładowym przypadku (Figura 1C), oba obszary znamion nie wykazywały zmian liczby kopii, podczas gdy dwa obszary czerniaka wykazywały zgodne straty krótkiego ramienia chromosomu 9 z nałożoną homozygotyczną delecją, w tym CDKN2A. Podobnie jak w przykładowym przypadku, zmiany liczby kopii były rzadkie w łagodnych prekursorach, ale powszechne w nowotworach potomnych. Zmiany numeracji kopii, które były związane z progresją w innych przypadkach obejmowały delecje CDKN2A (Fig. S2, S15, S19, S21, S22, S25, S27, S29, S31, S32, i S35 w Uzupełniającym Dodatku 1), delecje PTEN (Rys. S6, S8, S25 i S28 w Uzupełniającym Dodatku 1), chromosom 7q zyskuje zwiększoną dawkę genową mutanta BRAF (ryc. S4, S23 i S35 w dodatkowym dodatku ) i ukierunkowane amplifikacje MDM2 (ryc. S11 w dodatkowym dodatku 1), TERT (ryc. S31 w dodatkowym dodatku 1) i YAP1 (ryc. S5 w dodatkowym dodatku 1).
Zmiany liczby kopii wprowadzają nierównowagę alleliczną heterozygotycznych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów w linii płciowej, które są widoczne jako odchylenia od oczekiwanego stosunku allelicznego 0,5: 0,5. Przykładem tego jest nierównowaga alleliczna spowodowana delecją jednej kopii chromosomu 9p w obszarze czerniaka w przykładowym przypadku (ryc. 1D). Nierównowaga alleliczna służyła jako niezależna walidacja wywołań liczby kopii we wszystkich przypadkach (rys. S1 do S36 w Dodatkowym dodatku 1), ale także zidentyfikowała regiony neutralności kopii o neutralnej heterozygotyczności. Neutralna utrata heterozygotyczności pod względem liczby kopii nie wystąpiła w przykładowym przypadku, ale zaobserwowano ją w innych przypadkach, powodując homozygotyczność zmutowanych supresorów guza (ryc. S6, S8 i S34 w dodatkowym dodatku 1) lub zwiększoną dawkę genową onkogennych alleli (Rys. S1, S6, S7, S10, S27, S34 i S35 w Uzupełniającym dodatku 1).
Ilekroć jest to wykonalne, próbowaliśmy również uzyskać niezależną walidację odpowiednich zmian za pomocą testów immunohistochemicznych, fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) lub obu (Rysunek 1E i Rys. S8, S13, S14, S15, S16, S21, S22, S23, S27, S31, S32 i S34 w dodatkowym dodatku 1). Jak pokazano na Figurze 1E, FISH potwierdził nienaruszone locus CDKN2A z silną ekspresją białka w obszarach nevus i całkowitą utratą ekspresji w obszarach czerniaka z homozygotyczną delecją. Obszary flankujące wczesnego inwazyjnego czerniaka, które nie były analizowane oddzielnie za pomocą sekwencjonowania, wykazały hemizygotyczną delecję na FISH, z odpowiednimi pośrednimi poziomami białka (Figura 1E).
Rozdzieliliśmy zmiany genetyczne między nowotworami prekursorowymi i potomnymi, aby wydedukować historię filogenetyczną każdego przypadku
[patrz też: hipodypsja, kontracept ulotka, citomed toruń rejestracja ]